Die Anfänge des Chores stammen sehr wahrscheinlich bereits aus dem 10. Jahrhundert. Einen ersten schriftlichen Nachweis über die Existenz eines Knabenchores gibt es aus dem Jahre 1723.

Unter dem damaligen Abt Marian Pusch wurden den Schülern des Seminars innerhalb der Abtei Statuten über ihren Tagesablauf gegeben, die u.a. die Verpflichtungen der täglich zu singenden Gottesdienste umfassten:

„Umb 9 Uhr werdten selbe in den Chor gehen, und wan das Ambt figuriert sollen sie bei der Chorstiege warten was ihnen der P. Chori Regens befelchen wirdt. Darnach sie dan die Musicalien und andere Requisita in der Still herrichten mögen und wan dies geschehen werdten sie bei den anderen...“

Nach den Wirren der Säkularisation wurde im Jahre 1918 die Abtei Niederaltaich wiedergegründet. Selbstverständlich wurde auch die alte Lateinschule wieder eingerichtet. Diese umfasste die Verpflichtung der Chorknaben im Gottesdienst zu singen. Nach mehreren Jahrzehnten Pause, ausgelöst durch den II. Weltkrieg, wurde im Jahre 2001 durch Abt Marianus Bieber der Chor neu errichtet, um bei der Gestaltung der Gottesdiensten innerhalb der Gemeinschaft mitzuhelfen.